Der Fußboden im Langchor der Esslinger Franziskanerkirche lag deutlich über dem jetzigen Bodenniveau. Seit der Erbauung des Langchores im 13. Jahrhundert war der Altarraum L-förmig bis vor die Sediliennische gezogen und lag 10 cm höher als der aktuelle Bodenbelag des Chorpolygons.
Im 14. Jahrhundert wurden verschiedene Veränderungen vorgenommen. Zu dieser Umgestaltungsphase gehört wohl auch die mit Wandmalerei gestaltete östliche Tabernakelnische. Die unterste Farbschicht des Chors in Rosa gehörte entweder zu diesem Wandgemälde oder zeigt den Rest einer mittelalterlichen Fassung der Kirche. Diese kann jedoch irgendwann zwischen der Entstehung und dem 16. Jahrhundert angebracht worden sein.
Um 1400 wurde die westliche Tabernakelnische eingebaut, ein Franziskusaltar errichtet und ein zu diesem Zweck angefertigtes Wandgemälde darüber angebracht. Wofür wohl das Chorgestühl gekürzt werden musste.
Später im 15. Jahrhundert wurde eine kleine Tür zur neu gebauten Georgskapelle in die Nordwand gebrochen. Nur bei einer Abstufung des alten Chorbodens im ersten Joch wäre dieser Zugang für den Priester ebenerdig gewesen. Denn zog sich das alte Bodenniveau des Chors bis an die Westwand, hätte diese Tür lediglich durch zwei Stufen nach unten erreichbar sein können.
Etwa im 17. Jahrhundert wurde der inzwischen nicht mehr klösterliche Chorraum weiß getüncht. Eine braune Fassung mit weißem Fugenstrich wurde vermutlich für die Nutzung des Chores durch die Katholiken 1860 angebracht. Die Sockel und Konsolen waren alternierend braun und blau gefasst. Dementsprechend dürften auch die Fassungen der Kapitelle und Gewölbescheitel aus dieser Zeit stammen. Spätestens ab diesem Zeitpunkt war der Boden auf das heutige Niveau abgesenkt worden. Die verdübelten Einbauten sind bis zu dieser Phase alle verschwunden und die Löcher in den Wänden mit dunklem Mörtel zugesetzt worden.
Im 20. Jahrhundert wurden bei einer Restaurierung des Langchors die Farbfassungen abgenommen, um die mittelalterlichen Malereien freizulegen. Einige Restspuren blieben jedoch erhalten. Das Langhaus der Kirche wurde im 19. Jahrhundert abgerissen. An seiner statt wurde 1930 ein Gemeindehaus erbaut, das den ehem. Lettner der Klosterkirche aufnimmt.